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在唐高宗麟德元年(664年)的歷史記載中，玄奘法師對譯場的助手和弟子們這樣說：「玄奘今年六十有五，必當卒命於此伽藍，經部甚大，每懼不終，人人努力加勤，勿辭勞苦。」

在玄奘法師的一生中，他第一次發出了擔憂之辭。不久，他又對弟子們說的一段話幾乎可以看作是他的遺言：「若無常後，汝等遣我宜從儉省，可以蘧蒢裹送，仍擇山澗僻處安置，勿近宮寺。不淨之身，宜須屏遠。」

同年正月初三，玄奘法師的弟子懇請玄奘翻譯《大寶積經》。

玄奘法師在勉強翻譯了幾行後，突然停了下來神色黯然地說：「此經部軸與《大般若》同，玄奘自量氣力不復辦此，死期已至，勢非賒遠。」說完這句話以後，玄奘法師從此絕筆。他表示，要把此後有限的歲月去為離開這個世界做準備。

正月初八，玄奘法師的弟子玄覺法師夢見一尊莊嚴高大的佛塔突然倒塌，他趕緊就去找玄奘法師。玄奘法師明確告訴他：「非汝身事，此是吾滅謝之征。」僅僅一天以後，正月初九，曾經翻越過無數崇山峻嶺、滔滔江河的玄奘法師居然在屋子後面跨越一道小溝時摔了一跤。雖然只不過是稍微擦破了一點點皮，但玄奘法師卻從此倒下，病情急轉直下。

正月十六，玄奘的病情已經十分嚴重，口裡喃喃自語：「吾眼前有白蓮花，大於盤，鮮淨可愛。」第二天，玄奘又夢見禪房裡突然出現了成百上千的人，非常高大，身穿錦繡服裝，來回穿行，院子後面的山陵之間突然佈滿了鮮豔的金幡、旗幟，林間奏響了各種各樣的音樂，門外停滿了裝飾華麗的車子，車子上裝滿了各種各樣的食物，來供養玄奘法師。玄奘法師一面說：「玄奘未階此位，何敢輒受？」一面卻還在進食。弟子趕緊把玄奘法師叫醒，玄奘法師睜開眼睛，把自己剛才看見的事情告訴了身邊的玉華寺寺主慧德法師，這個寺主非常恭敬地玄奘法師的這些描述記下來，留給了後人。

玄奘法師同時還對慧德法師說：「玄奘一生已來所修福慧，准斯相貌，欲似功不唐捐，信如佛教因果並不虛也。」意思是說：我在夢境當中看到的這些現象，好像表明我這一輩子所修的福慧沒有白費。我確信，佛教因果不是虛妄。

在生命彌留之際，玄奘下令弟子把已經翻譯完成的佛經編一個目錄，看看翻譯了多少。玄奘法師又吩咐眾僧為他造像寫經，廣為施捨，同時他按照佛教的戒律，把自己用的東西全部施捨給寺裡的僧眾。

那麼玄奘法師在人世間的最後時刻留下的遺言是什麼？玄奘法師又是以一種什麼樣的姿態圓寂的呢？

從文獻記載上來看，之後玄奘的病情穩定了一段時間，或者是所謂的「迴光返照」。在正月二十四日那天，玄奘法師讓一個叫宋法智的塑像工人在玉華寺的嘉壽殿豎起一個菩提像，把骨架搭好。他召集了所有身邊的翻譯佛經的弟子，留下了在人世間最後的話：「玄奘此毒身深可厭患，所做事畢，無宜久住。願以所修福慧回施有情，共諸有情同生睹史多天彌勒內眷屬中奉事慈尊，佛下生時亦願隨下廣作佛事，乃至無上菩提。」

玄奘法師意思是說自己的俗身是不淨的，已經厭惡了，在這個世間所要做的事情已經做完了，不必要再待著。我不是為個人修福慧，我修的這一切願意把它回報給人世間仍然活著的人。

我祈願，我能跟大家一起上生到彌勒菩薩身邊，去奉侍彌勒菩薩。

我發願，當彌勒佛下生的時候，我願意跟著他下來「廣作佛事」，去追求無上菩提，追求最高的智慧。睹史多天，佛學術語，界名，即兜率陀天，此翻知足。涅槃經曰：「此天，欲界最勝。」

在接下來的日子，玄奘法師幾乎不說話，只是不停地念誦佛經，皈敬彌勒、如來，願往生彌勒淨土。

二月初四夜開始，玄奘法師右手支撐著頭部，左手舒放在左腿之上，非常平緩地，右脅而臥，不動半分。這是玄奘圓寂前肉身的最後姿態，我們看見臥佛就能想到這個姿勢。
二月初五夜半時分，他的弟子問玄奘法師：「和尚決定得生彌勒內眾不？」即弟子問玄奘，和尚，您是不是已經決定可以生到彌勒佛淨土呢？玄奘法師回答：「得生」。

這是玄奘法師在這個世界上留下的最後兩個字。

玄奘法師圓寂的消息傳到長安，舉國悲悼，唐高宗哀歎：「朕失國寶矣！」甚至為了玄奘法師而罷朝數日。二月二十六日，唐高宗下旨，玄奘法師所有喪事費用由朝廷負責。三月初六，又下令暫停翻譯工作，已經完成的部分由政府出資傳抄，尚未完成的交慈恩寺保管，不得遺失。

四月十四日，按照玄奘法師臨終前的心願，將他葬於滻水之濱的白鹿原，當時趕來送葬的人不計其數。唐高宗總章二年(669年)，遷葬到樊川北原，並在當地營造塔宇寺廟。唐中宗神龍元年(705年)，又下令在兩京，也就是長安和洛陽各建造一座佛光寺，追諡玄奘為「大遍覺法師」。

在玄奘法師圓寂後一百八十年後的845年(唐武宗會昌五年)，發生了中國佛教史上最大的一場法難——會昌法難，統治者下令在全國範圍內摧毀一切寺廟，淘汰僧尼。而就在這樣大規模的會昌法難中，長安的慈恩寺也被明令保留了下來。這足以說明玄奘法師的功德和聲望。