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1419年，六十二岁的宗喀巴在哲蚌寺讲道时，在场的人看到晴朗的天空出现了数道彩虹，他们认为这标识他就要死了。讲道进行一半时，宗喀巴果不其然地停了下来，说他要暂停一下。这种情况十分不寻常，因此众人再次有种感觉，认为这表示他在为自己将辞世做准备。如果上师要离开某处前没有完成讲道，会被认为是个吉兆。因为这确保师父与弟子在此生及来世会再次相见，以接续该次讲道。他于是前往拉隆大寺作祈祷与供养，在离寺前还礼拜，而这项举动通常只有在不可能回到原地时才会做。

第二天，他承认自己觉得痛，虽然从外表上，别人并无法马上清楚看出这点。他把帽子和袍子交给一位弟子，并对在场的人提出忠告，强调不要转移利他心的重要性。

在第十个月的第二十天，宗喀巴对黑鲁嘎本尊做了盛大的供养，并在当晚进行金刚持诵。第二十五天还很早时，他以双腿盘坐的姿势禅修空性。到日出时，则做了许多内供养，但在场的人都不明白他为什么这么做。接着，他的呼吸便停止了，身体则恢复十六岁时的活力。许多在场的弟子都看到他的身体放射出多彩的光束，这证实了许多人的信念：宗喀巴进入证悟者的道。

为了知道如何妥善处理他的躯体，大家便询问传神谕的人。他们预言，该肉身应被供奉在佛塔中，于是便建造了一处专用厅堂，内置银色平台，其上安有一座黄金佛塔。本世纪中叶时，宗喀巴的肉身已如木乃伊一般，但保存完好仍让人惊讶。第九世嘎玛巴赞颂他是个“以正确完善的见地扫除错误之见”的人。