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虚云大师由于病重而越来越虚弱，有人敦促他看医生，他却拒绝：“我与这世间的因果连接就快断了。”他感谢弟子们和他协力重建寺院。

然后向他们指示：“我死后，帮我穿上黄色袈裟，一天后，放入棺中，移到牛棚西边的山脚下火化。然后请将骨灰与糖、面粉、油混合，捏成九个球，丢入河里，供养给水中生灵。若你们能帮我实现誓愿，我心永怀感谢。”

有人请求他最后再说些话，师父回答：“要修行戒、定、慧，以清除贪、嗔、痴。”

他停了一下，接着又说：“培养正思维与正念，在面对众人与整个世间时才能有大无畏的精神。你们累了，请回去休息吧！”

师父在辞世之前一段时间曾恳求弟子要保持信心。“怎么保持？答案就在‘戒’这个字里。”说完这话，他便合掌，并嘱咐身边帮忙的人要照顾好自己。

他们在离开房间后一个钟头回来，发现虚云以寂然而逝，享年一百二十。

遗体进行火化时，空气中有种少有的香气，还有白烟上漂天际。骨灰中发现超过百颗的五色舍利子和不计其数的小舍利子，大部分是白色的。